In den vergangenen Jahren wurden eine Reihe von Projekten zur Verbesserung der ökologischen Gewässerstruktur und der Herstellung der Gewässerdurchgängigkeit realisiert.
Im Zuge des geplanten Baus des Hochwasserrückhaltebeckens Werre wurde bereits in den neunziger Jahren die alte Wehranlage der Wülfer Mühle abgerissen und der Gewässerabschnitt in diesem Bereich naturnah als eine Raue Rampe ausgebildet.
Das im Zuge des Baus angefallene Bodenmaterial wurde gleichzeitig für die Errichtung eines nahe gelegenen Deiches genutzt.
Der Werre-Wasserverband führte im Jahre 2010 zusammen mit der Stadt Bünde im Bereich der Else- Aue Maßnahmen zur strukturellen Verbesserung des Gewässers durch. Durch Anlegen eines Altarmes und einer Flutrinne war angedacht strukturelle Defizite der Else auszugleichen und dadurch einen guten ökologischen Zustand gemäß den Anforderungen der EU-Wasserrahmenrichtlinie zu erreichen. Neben ökologischen Aspekten bedingt die Maßnahme durch die Schaffung zusätzlichen Retentionsraumes eine Verbesserung des Hochwasserschutzes.
Der Umbau der Wehranlage Brausemühle in Kirchlengern erfolgte 2010/11 als Gemeinschaftsmaßnahme der E.ON Westfalen Weser AG (heute: Westfalen Weser Netz GmbH) mit dem Werre-Wasserverband. Das aus den 1930er Jahren stammende Wehr wurde in eine 20 m lange Sohlgleite umgebaut. Seit dem Umbau ist die ehemalige Staustufe für Fische und Kanuten passierbar. Durch eine neue Brücke und eine geänderte Wegeführung konnte das vorhandene Gehwegnetz der Gemeinde Kirchlengern erweitert werden.
Das in den 80er Jahren fertig gestellte Auslaufbauwerk des HRB Löhne wurde mit einem Kulturstau zur Stabilisierung der Werre-Sohle errichtet. Um die Zielsetzung der EU-Wasserrahmenrichtlinie, insbesondere die Herstellung der ökologischen Gewässerdurchgängigkeit für Fische und Kleinstlebewesen, zu erreichen, wurde im Jahre 2011 dieser Werre-Abschnitt umgebaut. Der Sohlabsturz wurde durch eine Sohlgleite mit angrenzendem Kanupass ersetzt.
Als 11. Bauabschnitt wurde im Frühjahr 2009 mit den Arbeiten zur Fertigstellung des Hochwasserrückhaltebeckens Bega im Stauwurzelbereich in Hölsen begonnen. Die alte Wehranlage an der Wasserteilung konnte abgebaut werden, da das Staurecht nicht mehr genutzt wurde. Eine Sohlgleite und ein angrenzender Fischaufstieg ersetzen nunmehr die Wehranlage. Der untere Bereich des Mühlengrabens wurde verfüllt und mit einem Borstenfischpass an die Bega angeschlossen.
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